Picard中文使用手册

一个用来处理BAM (http://samtools.sourceforge.net) 格式的高通量测序数据的 (Java) 工具箱。

View the Project on GitHub broadinstitute/picard

Building Picard From Source - 从源代码 Build Picard

请查看 从源代码Build HTSJDK 。

Java version - Java版本

Building Picard 命令行工具需要 Java 1.6。他们可能可以使用 Java 1.7 编译器，但是为了达到和 Java 1.6 JVM 最大的兼容性，你应该使用 Java 1.6 libraries。这可以通过下列某一种方法实现：

  • 设置环境变量 JAVA6_HOME 指向你的 Java 1.6 的安装位置。
  • 把参数-Djava6.home=path 传递给 ant， 其中 path 是你的 Java 1.6 安装的文件夹。

如果在你想build的机器上还没有安装 Java 1.6，你可以提供Java 1.7 的安装位置来替代，但是用这种方法编译的代码在Java 1.6 JVM上面运行时可能会有问题。

Building Picard command-line utilities - Building Picard 命令行工具箱

要Build命令行工具箱，切换到Picard源码树的根层，然后运行下面的命令。

ant -lib lib/ant package-commands

这会在 dist 子文件夹里面创建一个可执行的 jar ，叫做 picard.jar 。关于如何用这个 jar 调用命令，请查看这个页面

GA4GH API

It is possible to build a version of Picard that supports reading from the GA4GH API, e.g. Google Genomics:

  1. Fetch gatk-tools-java library from https://github.com/iliat/gatk-tools-java

  2. Build:

    ant gatk-tools-java-picard-jar

  3. Copy the resulting jar to lib/gatk-tools-java/ under the Picard folder, e.g.

    cp dist/gatk-tools-java-picard-1.0.jar ../picard/lib/gatk-tools-java/

  4. Build Picard:

    ant -lib lib/ant package-commands-ga4gh

  5. You can now run:

    java -jar dist/picard.jar ViewSam \
                INPUT=https://www.googleapis.com/genomics/v1beta2/readgroupsets/CK256frpGBD44IWHwLP22R4/ \
                GA4GH_CLIENT_SECRETS=../client_secrets.json