Getting started with Bowtie 2: Lambda phage example-从这里开始使用Bowtie2：λ噬菌体的例子
Bowtie2自带了一些入门级的示例文件，这些示例文件并不具有科学含义，我们用λ噬菌体的参考基因组只是因为它很短，并且例子里面的reads是由一个电脑程序生成的而不是测序的结果。但是，这些文件能让你立即开始运行Bowtie2和下游的程序。
首先按照获取Bowtie2的指导下载它。设置Bowtie2环境变量BT2_HOME，把它指向含有bowtie2, bowtie2-build和bowtie2-inspect二进制文件的新Bowtie2的文件夹。这一步很重要，因为在下面的命令当中，变量BT2_HOME被用来代表那个文件夹的位置。
Indexing a reference genome-对参考基因组建立索引
为了对Bowtie2内置的λ噬菌体的参考基因组建索引，先新建一个临时文件夹（建在哪里无所谓），进入那个文件夹，然后运行：
$BT2_HOME/bowtie2-build $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus这条命令在结束前应该会打印很多行输出。当其运行完毕时，当前文件夹会产生4个新的文件，它们的文件名都以lambda_virus开始，分别以.1.bt2, .2.bt2, .3.bt2, .4.bt2, .rev.1.bt2和.rev.2.bt2结束。这些文件构成了索引——你完成了！
你可以使用bowtie2-build对一组任意来源的FASTA文件构建索引，包括像UCSC，NCBI，和Ensembl这些站点。当对多个FASTA文件建立索引时，你要在指定所有的文件，并用逗号隔开。更多关于如何用bowtie2-build建立索引的信息，请查看使用手册的建立索引部分。你可能也会直接获取一个已经建好的索引，从而绕过这一步。使用已建好的索引给出了例子。
Aligning example reads-比对示例reads
在上一步创建的文件夹中，现在含有lambda_virus的索引文件。接下来，运行：
$BT2_HOME/bowtie2 -x lambda_virus -U $BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -S eg1.sam这个命令会运行Bowtie2的比对软件，它会使用上一步建立的索引，把一组非双端测序的reads比对到λ噬菌体的参考基因组上。这步比对的结果是SAM格式的，输出文件是eg1.sam，同时比对的总结会被输出到终端控制台。（事实上，总结是被写进了“standard error” 或 “stderr”，即标准错误句柄里面，通常它会被输出到终端。）
要查看SAM结果的前几行，运行：
head eg1.sam你会看到类似于下面的东西：
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:gi|9626243|ref|NC_001416.1| LN:48502
@PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.1
r1 0 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 18401 42 122M * 0 0 TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG +"@6<:27(F&5)9)"B:%B+A-%5A?2$HCB0B+0=D<7E/<.03#!.F77@6B==?C"7>;))%;,3-$.A06+<-1/@@?,26">=?*@'0;$:;??G+:#+(A?9+10!8!?()?7C> AS:i:-5 XN:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:3 MD:Z:59G13G21G26 YT:Z:UU
r2 0 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 8886 42 275M * 0 0 NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTATAAGGGGATCGGTGACCCCTACGCGAATCCGCTTTCAGACGTTGACTGGTCGCGTCTGGCAAAAGTTAAAGACCTGACGCCCGGCGAACTGACCGCTGAGNCCTATGACGACAGCTATCTCGATGATGAAGATGCAGACTGGACTGC (#!!'+!$""%+(+)'%)%!+!(&++)''"#"#&#"!'!("%'""("+&%$%*%%#$%#%#!)*'(#")(($&$'&%+&#%*)*#*%*')(%+!%%*"$%"#+)$&&+)&)*+!"*)!*!("&&"*#+"&"'(%)*("'!$*!!%$&&&$!!&&"(*"$&"#&!$%'%"#)$#+%*+)!&*)+(""#!)!%*#"*)*')&")($+*%%)!*)!('(%""+%"$##"#+(('!*(($*'!"*('"+)&%#&$+('**$$&+*&!#%)')'(+(!%+ AS:i:-14 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:0A0C0G0A108C23G9T81T46 YT:Z:UU
r3 16 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 11599 42 338M * 0 0 GGGCGCGTTACTGGGATGATCGTGAAAAGGCCCGTCTTGCGCTTGAAGCCGCCCGAAAGAAGGCTGAGCAGCAGACTCAAGAGGAGAAAAATGCGCAGCAGCGGAGCGATACCGAAGCGTCACGGCTGAAATATACCGAAGAGGCGCAGAAGGCTNACGAACGGCTGCAGACGCCGCTGCAGAAATATACCGCCCGTCAGGAAGAACTGANCAAGGCACNGAAAGACGGGAAAATCCTGCAGGCGGATTACAACACGCTGATGGCGGCGGCGAAAAAGGATTATGAAGCGACGCTGTAAAAGCCGAAACAGTCCAGCGTGAAGGTGTCTGCGGGCGAT 7F$%6=$:9B@/F'>=?!D?@0(:A*)7/>9C>6#1<6:C(.CC;#.;>;2'$4D:?&B!>689?(0(G7+0=@37F)GG=>?958.D2E04C<E,*AD%G0.%$+A:'H;?8<72:88?E6((CF)6DF#.)=>B>D-="C'B080E'5BH"77':"@70#4%A5=6.2/1>;9"&-H6)=$/0;5E:<8G!@::1?2DC7C*;@*#.1C0.D>H/20,!"C-#,6@%<+<D(AG-).?�.00'@)/F8?B!&"170,)>:?<A7#1(A@0E#&A.*DC.E")AH"+.,5,2>5"2?:G,F"D0B8D-6$65D<D!A/38860.*4;4B<*31?6 AS:i:-22 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:80C4C16A52T23G30A8T76A41 YT:Z:UU
r4 0 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 40075 42 184M * 0 0 GGGCCAATGCGCTTACTGATGCGGAATTACGCCGTAAGGCCGCAGATGAGCTTGTCCATATGACTGCGAGAATTAACNGTGGTGAGGCGATCCCTGAACCAGTAAAACAACTTCCTGTCATGGGCGGTAGACCTCTAAATCGTGCACAGGCTCTGGCGAAGATCGCAGAAATCAAAGCTAAGT(=8B)GD04*G%&4F,1'A>.C&7=F$,+#6!))43C,5/5+)?-/0>/D3=-,2/+.1?@->;)00!'3!7BH$G)HG+ADC'#-9F)7<7"$?&.>0)@5;4,!0-#C!15CF8&HB+B==H>7,/)C5)5*+(F5A%D,EA<(>G9E0>7&/E?4%;#'92)<5+@7:A.(BG@BG86@.G AS:i:-1 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:77C106 YT:Z:UU
r5 0 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 48010 42 138M * 0 0 GTCAGGAAAGTGGTAAAACTGCAACTCAATTACTGCAATGCCCTCGTAATTAAGTGAATTTACAATATCGTCCTGTTCGGAGGGAAGAACGCGGGATGTTCATTCTTCATCACTTTTAATTGATGTATATGCTCTCTT 9''%<D)A03E1-*7=),:F/0!6,D9:H,<9D%:0B(%'E,(8EFG$E89B$27G8F*2+4,-!,0D5()&=(FGG:5;3*@/.0F-G#5#3->('FDFEG?)5.!)"AGADB3?6(@H(:B<>6!>;>6>G,."?% AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:138 YT:Z:UU
r6 16 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 41607 42 72M2D119M * 0 0 TCGATTTGCAAATACCGGAACATCTCGGTAACTGCATATTCTGCATTAAAAAATCAACGCAAAAAATCGGACGCCTGCAAAGATGAGGAGGGATTGCAGCGTGTTTTTAATGAGGTCATCACGGGATNCCATGTGCGTGACGGNCATCGGGAAACGCCAAAGGAGATTATGTACCGAGGAAGAATGTCGCT 1H#G;H"$E*E#&"*)2%66?=9/9'=;4)4/>@%+5#@#$4A*!<D=="8#1*A9BA=:(1+#C&.#(3#H=9E)AC*5,AC#E'536*2?)H14?>9'B=7(3H/B:+A:8%1-+#(E%&$$&14"76D?>7(&20H5%*&CF8!G5B+A4F$7(:"'?0$?G+$)B-?2<0<F=D!38BH,%=8&5@+ AS:i:-13 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:1 XG:i:2 NM:i:4 MD:Z:72^TT55C15A47 YT:Z:UU
r7 16 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 4692 42 143M * 0 0 TCAGCCGGACGCGGGCGCTGCAGCCGTACTCGGGGATGACCGGTTACAACGGCATTATCGCCCGTCTGCAACAGGCTGCCAGCGATCCGATGGTGGACAGCATTCTGCTCGATATGGACANGCCCGGCGGGATGGTGGCGGGG -"/@*7A0)>2,AAH@&"%B)*5*23B/,)90.B@%=FE,E063C9?,:26$-0:,.,1849'4.;F>FA;76+5&$<C":$!A*,<B,<)@<'85D%C*:)30@85;?.B$05=@95DCDH<53!8G:F:B7/A.E':434> AS:i:-6 XN:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:2 MD:Z:98G21C22 YT:Z:UU
头几行（以@开始的）是SAM的头文件，余下的部分是SAM的比对结果，每行代表一个read或mate。更多细节，请查看Bowtie2使用手册的SAM输出部分和SAM格式标准。
Paired-end example-双端测序示例
要比对Bowtie2自带的双端测序reads，继续在同样的文件夹下，运行：
$BT2_HOME/bowtie2 -x lambda_virus -1 $BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -2 $BT2_HOME/example/reads/reads_2.fq -S eg2.sam这个命令会比对一组双端测序的reads到参考基因组上，结果文件输出在了eg2.sam里面。
Local alignment example-局部对比示例
要使用局部对比比对Bowtie2自带的一些更长的reads，继续在同样的文件夹下，运行：
$BT2_HOME/bowtie2 --local -x lambda_virus -U $BT2_HOME/example/reads/longreads.fq -S eg3.sam这会使用局部比对，把长reads比对到参考基因组上，结果文件在eg3.sam里面。
Using SAMtools/BCFtools downstream-使用SAMtools/BCFtools做下游分析
SAMtools是一个用来处理和分析SAM和BAM比对文件的集成工具包。BCFtools是一个用来识别变异和处理VCF和BCF文件的集成工具包，通常它会被集成在SAMtools里面。把这些工具合起来使用，可以让你从SAM格式的比对文件中获取VCF格式中的被识别的变异。下面的例子假设你已经安装了samtools和bcftools，而且含有那些工具的二进制文件的文件夹地址已经在你的PATH环境变量里了。
运行双端测序的示例：
$BT2_HOME/bowtie2 -x $BT2_HOME/example/index/lambda_virus -1 $BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -2 $BT2_HOME/example/reads/reads_2.fq -S eg2.sam使用samtools view把这个SAM文件转换成一个BAM文件。BAM是与SAM文字格式相对应的二进制格式。运行：
samtools view -bS eg2.sam > eg2.bam使用samtools sort把这个BAM文件转换成排过序的BAM文件。
samtools sort eg2.bam eg2.sorted现在我们有一个排过序的BAM文件了，它的名字是eg2.sorted.bam。排序后的BAM是一个有用的格式，因为这些比对都是（a）被压缩过的，这样有利于长期存储，（b）排过序的，这样有利于发现变异。要生成VCF格式的变异识别文件，运行：
samtools mpileup -uf $BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.fa eg2.sorted.bam | bcftools view -bvcg - > eg2.raw.bcf之后要查看这些变异，运行：
bcftools view eg2.raw.bcf更多细节和这一流程的一些变化，请查阅SAMtools的官方指南：用SAMtools/BCFtools识别SNPs/INDELs（单核苷酸多态/插入删除）。